Полигон-2

А ЕР1К100 со внешней пзу должна же загружаться и тогда ЕРС2 надо шить прежде, чем flex, а jtag-ноги flex'а тогда под второй канал jtag вывести для отладочных нужд. Или я не понял, что у вас за цепочка. :O

update: Выше про acex, конечно же, писал, где flex написано. Это я сонный после после работы уже ничего не соображаю, нас без выходных с нового года которую неделю гоняют.

Тогда не подскажу, так включать не приходилось.
Я обычно xilinx использовал, загружаемый с последовательного пзу. Для экспериментальных прошивок, чтоб на прожиг пзу не терять время или само пзу, пзу вытаскивал и на его место xchecker втыкал, но тогда прошивка набиралась либо из нескольких at17c256 перепрожигаемых, либо меньшего количества xc17001 одноразовых. А сейчас проще, пзу с jtag сразу, перепрожигаемое и ёмкое...

Цепочка у меня такая, сначала ЕРС2, потом ЕР1К.
Без ЕРС2 я ставил перемычку на её TDI-TDO и прошивал ЕР1К.
Сейчас они впаяны обе.
Только что отрезал TDO пзушки от TDI плисины. И TDO плисины от разьёма программирования.
Пробросил перемычку от TDO пзушки до разьёма.
В результате, TCK и TMS остались соединными параллельно, а в цепочке данных только пзушка.
Программатор так же ругнулся на цепочку, но дал выбрать устройство EPC2 и прошить его.
Так что без магии или то или другое. А этим типом магии я не пока не владею.
Кто знает как, подскажите плиз.

О! Я когда выбирал для себя платку для экспериментов, видел такие. Но не соблазнился

А можно меня ткнуть в схему, если она есть. Ибо нашёл только информацию о пинах и перемычках.
Самое ценное это фраза:

Turn on the Multi-Device JTAG Chain command (JTAG menu).

Пока не нашёл где это сделать...
Я ж так понимаю, вы эту плату гоняли под Квартусом? Что и где перенастраивали?
По полной схеме можно было бы посмотреть ещё и что и как соединено.