Полигон-2

кто кого видит, простите?
в архитектуре иса увидеть что либо на шине достаточно сложно. тем более сом порт. можете почитать с каким блекджеком и шлюхами на иса организован плаг-и-пелй.
то что вы видите в биосе, это адреса которые хранятся в BIOS Data Area, то что выставляется джамперами на карте - это те адреса на которые карта будет откликаться.
это ваша задача их подружить. т.е. самому выставить джампера, и задать эти адреса и прерывания в биосе.

список рекомендованой литературы
https://vk.com/ghostsofsilicon...3_50133824

Я когда-то разбирался в этой проблеме. Убил кучу нервов, времени, и накупил с досады штук 50 буферных микросхем в запас.
Итак, если BIOS "видит" порт, то почти наверняка у Вас живая микросхема порта 82250 (82450). Но радоваться рано, она почти неубиваемая, т.к. защищена 3мя буферными микросхемами:
75189, 75188 и снова 75189, используемая наполовину.
аналоги 1489 и 1488.
Какая вход, а какая выход сейчас не помню, погуглите, это легко и быстро. И те и те горят. Входы - от статики, выходы - от случайного замыкания их с другими выходами ( а в COM-порте используются сигналы +12в...-12в).
Я спаял пассивную тестовую заглушку (схема есть в инете). Она позволяет с программой Checkit проверить COM-порт с достоверностью, достаточной для мыши. (Модем в одном случае у меня не заработал с портом, прошедшем проверку заглушкой, но Вам достаточно "мышиной" степени исправности).
И, заодно, следствие из того, что одна микруха использована наполовину: для upgrade портовой платы, у которой есть пустые панельки под второй порт, достаточно (помимо самого порта 82250/82450) по 1шт 1489 и 1488, т.к. имеющаяся на плате "половинка" уже разведена на панельку второго порта.
Буду вопросы - пишите.
Я бы и буферными микросхемами поделился, все равно лежат, но Вы далеко.

P.S. Схему заглушки Вам верно подсказали выше.
P.P.S После того, как нашел распиновки этих буферных микросхем, то проверял тестером, и часть неисправных звонилась чуть ли не накоротко. Те, что не звонились, но были в панельках, менял для проверки, и таким образом все портовые платы починил.

Если у Вас разъёмы com портов на выкидышах, то возможно дело в разных распайках выкидышей! Встречал два вида распайки: один пин к пину соответствует на IDC и D-SUB разъёмах, т.е. 1 на 1, 2 на 2, 3 на 3, 4 на 4 и т.д., другой 1 IDC на 1 D-SUB, 2 на 6, 3 на 2, 4 на 7 и т.д. (имеется в виду D-SUB9).
Вполне возможно, что у Вас именно в этом проблема, по крайней мере сам на это наступал не один раз!

sanders написал:

[q]

Но я почему-то подумал, что у ТС заведомо родные короткие выкидыши от платы до планки на этой же плате, а ведь бывает, что на родной планке выведены GAME+LPT, а оба COM на второй планке, и вот тогда выкидыши могут оказаться не родными и не подходящими.

[/q]

У него там пять разных контроллеров, маловероятно, что все они с ком разъёмами на самой плате.

А как тестовые программы опрашивают весь список портов? Засылают значение и считывают ответ. Если физическая ячейка (порт) присутствует, то возвращается записанное число. Так же и BIOS - знает какие стандартные ячейки опросить. Если ячейки (порта) нет, то возвращается FF
Можете найти плату портов, где второй порт установлен на панельку, вытащить микросхему 82450 (82250) и в экране загрузки (summary) пропадет упоминание о 2F8. Комп видит только память внутри этой микросхемы. Исправность порта в целом BIOS не определяет.